Музей Васа был создан для одного единственного экспоната — одноименного боевого корабля, построенного в 1628г. Поскольку корабль проектировался как будущий флагман королевского флота, его оборудованию и оснащению уделялось особое внимание. Для постройки было срублено более тысячи дубовых деревьев, приглашены кораблестроители и умельцы-плотники со всей Швеции. Мастера вырезали более 700 деревянных скульптур, украсивших корму и борт корабля.
Корабль был оборудован десятками тяжелых орудий, и это оказало решающее воздействие на его судьбу. Поскольку судно было слишком узким, оно не смогло балансировать под тяжестью груза и под напором ветра. Во время своего первого торжественного выхода в море Васа накренился так, что через пушечные отверстия хлынула вода, быстро опустившая корабль на дно буквально в ста метрах от берега у входа в гавань Стокгольма.
Бесславная история корабля, однако, не угасила интерес к объекту, как к художественно выполненной работе. Корабль пролежал на морском дне более 300 лет. Благодаря качеству материала и особенному составу воды Балтийского моря, судно отлично сохранилось. В 1961 году корабль был поднят на поверхность, после чего тщательно реставрировался в специальных условиях на протяжении 30 лет. В 1990 году на острове Юргорден построили специальный ангар, в котором разместили несостоявшийся флагман королевского флота в качестве музейного экспоната.
Здание музея спроектировано так, чтобы Васа был представлен к осмотру на трех уровнях. Мачты корабля значительно превышают высоту ангара, поэтому они пропущены через крышу и возвышаются над зданием.
