Костёл Святых Апостолов Петра и Павла был первым в Польше культовым сооружением в стиле раннего барокко. Он стоит в некоторой глубине от остальных строений на Гродской улице и этим привлекает внимание, несмотря на небольшие размеры и простоту архитектурных решений. Идея возведения церкви принадлежала Петру Скарге, которого поддержал монарх Сигизмунд III из династии Вазов.
Проект, одобренный Папой Римским, подготовил архитектор-иезуит Джованни де Росси, а первый камень в 1597 г. заложили под руководством другого итальянского архитектора-иезуита Юзефа Бритиуса. Через 2 года ему пришлось прервать работу и вернуться в Италию. Бритиуса заменил его соотечественник Джованни Мария Бернардони. Он укрепил стены и увеличил их высоту, что соответствовало пожеланиям жителей города и добавило храму готической легкости и изящества. В 1605 г. Бернардони умирает, и строительство поручают архитектору Джованни Батиста Тревано. Окончательный вид церкви придал Маттео Кастелло.
Купол воздвигли в 1619 г. Тогда же начали оформлять внутренний интерьер, что заняло 14 лет. Над великолепным фасадом мастера работали с 1622 г. по 1630 г. Торжественное освящение костёла похожего на римскую иезуитскую церковь Иль-Джезу состоялось лишь в 1635 г.
Базилика построена в форме креста. Место пересечения трансепта и основного нефа накрыто куполом. По бокам находятся взаимосвязанные между собой капеллы. В нижней части фасада установлены 4 статуи самых известных иезуитов, а над входом закреплена эмблема ордена. Скульптуры второго яруса – это представители королевской династии Вазов. Чуть выше — герб Сигизмунда III. При взгляде на храм сразу заметна необычная ограда из статуй 12 апостолов. Оригинальные скульптуры сильно пострадали от погодных условий и их поместили в Исторический музей, а возле костёла установили точные копии из аналогичного материала. Изготовлением статуй на протяжении 7 лет занимался скульптор Давид Хеель, а установкой в 1722 г. архитектор Каспер Бажанка. Бажанка также проектировал главный алтарь и декоративную отделку органа. Алтарь датируется 1735 г. и выполнен в классическом стиле позднего барокко с католическими и православными элементами. Расписал его Юзеф Бродовский.
Внутри интересны рельефные изображения распятия и обезглавливания Святого Петра, а также скульптуры польских покровителей – Святого Адальберта и Святого Войцеха. Потолок украшен алебастровым декором, напоминающим мрамор. Над ним в 1-ой половине XVII в. трудился Джованни Батиста Фалькони. Достойны осмотра надгробные плиты рода Бжекв, Браницких и епископа Анджея Тшебицкого.
Церковь владеет прекрасной коллекцией произведений барочной живописи и скульптуры. Среди них и два полотна польского художника Шимона Чеховича.
Еще костёл Святых Апостолов Петра и Павла знаменит маятником Фуко, демонстрирующим суточное вращение нашей планеты, и очень хорошей акустикой: здесь регулярно проходят камерные и органные концерты.
В 1960 г. костёл признан малой базиликой и сегодня находится в ведении Ягеллонского университета.